一般情况下，在泥炭土以及其他有机种植材料（包括树皮、椰壳、木纤维、废弃物堆肥等）中，众多种类的真菌会参与其中的分解过程。

　　在泥炭土含有的微生物（含细菌、真菌）的参与下，浅色的黄泥炭土逐步分解，随着时间的延长，最后转为深色的黑泥炭土。以上过程说明，泥炭土中真菌的存在是一种自然现象。

　　随着泥炭土温度、湿度、营养成分和孔隙的变化，不同种类的真菌的数量也就随之增减。有时候在打开包装袋时，就会发现泥炭土外表面出现少许霉斑，这是因为包装袋内壁周边的湿度比较高，正好适宜这一类霉菌的生长。如果一旦基质被充分松开，霉斑也会很快消失。假如泥炭土带有少许来源于古老树根的残体，某一些靠分解木材生存的真菌也有可能出现在泥炭土的表面。

　　泥炭土并非无菌物质，因此才会含有较多的微生物，一般情况下两者之间会保持一个平衡。所以我们不难在泥炭土中找到青霉菌、曲霉菌、芽霉菌、糊蕈属菌、枝孢属菌、头孢霉菌、木霉属、菌根菌等。这些微生物之间的平衡具有积极作用，它促使把外来微生物对泥炭土的危害降到最低程度。